Comienza cuando 3 chicos llamados Shane Clarke, Dustin Brooks y Tori Hanson asisten a la academia Wind Ninja, sin embargo nunca llegaban a tiempo a sus clases. Un día trataron de llegar puntuales, no obstante cuando iban en camino presentaron un problema e intentaron resolverlo, y entre tanto lo resolvían Lothor, con la ayuda de su ejército del mal, arremetieron contra la escuela y se llevaron a los ninjas en su nave